“青马工程”优秀院系学生骨干培养工程为院级培养工程，通过对广大学员进行政治素养、人文素质、实践及创新能力的培养，使学员们能够在进入大学的第一年就为他们将来的成长打下坚实的基础。培养计划按内容可分为4大类：思想理论类，团务技能类，交流讨论类，调研实践类。通过多种不同的形式来安排培训的课程，有讲座、讨论会、交流会、团务技能、素质拓展等丰富多彩的活动，旨在进一步激发大家的热情，提高大家的积极性，使大家全身心地投入“青马工程”的活动中去，从而更好的得到锻炼。在合理安排各种不同类别的理论课程的同时，培训也开展了大量精彩的实质性体验活动，理论只有运用到实践中才能体现其生机和活力，所以希望学员能通过参与各种各样活动将它们所学到的理论知识进一步地运用起来，并不断积累社会经验。为实现对学员系统化的管理，培训将由各学院将学员进行分组，并在每组选出两个组长负责信息传递、小组协调管理及活动策划工作。所属学院将每次活动后学员们的心得体会收集并记录在案，以便于进行后续的交流总结和学院团组织的建设发展。